তাই বন্দর সৃষ্টির ৭৩ বছর পর মোংলা-খুলনা রেল যোগাযোগ শুরু হয়। কিন্ত সরকারের গ্রহন করা রেল প্রকল্পের মূল উদ্দেশ্য পূরণ হচ্ছে না মোংলা বন্দর সহ এসকল অঞ্চলের জনসাধারণের। 

তৎকালীন  সরকারের মুল উদ্দেশ্য ছিল, দক্ষিনাঞ্চলের সাথে রেল যোগাযোগ চালু হলে যাত্রী পরিবহনের পাশাপাশি মোংলা বন্দরে আমদানী-রফতানিকৃত পণ্য দেশের বিভিন্ন অঞ্চলে পরিবহন করা হবে। 

এতে পণ্য পরিবহনে নিরাপত্তা, সময় ও অর্থ তিন দিকেই সাশ্রয় হবে ব্যবসায়ীদের। ফলে ব্যবসায়ীরা যেমন লাভবান হবেন, বন্দরেরও বাড়বে রাজস্ব।  সে জন্য চার হাজার ২৬১ কোটি টাকা ব্যয়ে নির্মিত হয় খুলনা-মোংলা রেল লাইন।

 গত ২০২৪ সালের ১ জুন মোংলা-খুলনা রেল লাইন চালু হলেও এতে সুফল পাচ্ছেনা মোংলা বন্দর সহ এ অঞ্চলের জনগণ। চলছে মাত্র  যাত্রীবাহী একটি ট্রেন। বন্দর থেকে পণ্য পরিবহন হচ্ছে না। রেল চালুর প্রায় দেড় বছর অতিবাহিত হলেও মাত্র দুইটি জাহাজের আমদানীকৃত কিছু পণ্য পরিবহন করা হয়েছে এ রেল পথে। 

মোংলা বন্দর কর্তৃপক্ষের উপ পরিচালক ( বোর্ড  ও জনসংযোগ বিভাগ) মো.মাকরুজ্জামান বলেন, মোংলা বন্দর এখন সম্পুর্ণ সচল।পণ্য পরিবহনে নৌ-পথ ও সড়ক পথ চালু রয়েছে। এখন রেল পথ দিয়ে পুরোপুরি পণ্য পরিবহনের জন্য ব্যবসায়ীদের নিয়ে চেষ্টা চালাচ্ছে বন্দর কর্তৃপক্ষ।